또 헌법재판소의 판단과 상이한 법원 판결이 나왔다.

서울고법 행정11부(최규홍 부장판사)는 26일 GS칼텍스가 '법인세와 방위세·농어촌특별세·자산재평가세 등 707억여원을 취소해달라'며 역삼세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소 소송의 재심에서 원고 패소로 판결했다.

재판부는 헌재가 한정위헌 결정을 내렸다는 것은 재심의 사유가 될 수 없다며 재심청구를 기각했다.

헌법재판소법에 따르면 헌법소원이 인용된 경우 관련된 소송사건의 당사자가 확정판결에 대해 재심을 청구할 수 있다.

하지만 재판부는 헌재의 한정위헌 결정에 대해 "법률조항을 해석, 적용한 것이지 조항 자체가 헌법에 위배되는지를 판단한 것이 아니다"라며 "법적 근거 없이 행해진 것이므로 조세감면규제법 부칙 23조 규정의 효력이 상실되지 않는다"고 밝혔다.

재판부는 부칙이 실효됐다고 가정하면 과세상 차별이나 입법의 공백이 발생하는 점을 들어 "입법이 이를 의도했다고 볼 수 없다"고 판시했다.

이어 "입법 의도에 부합하고 국민에게 예측할 수 없는 부담을 지우는 것이 아니라면 별도의 규정이 없더라도 종전의 경과규정이 실효되지 않는다고 해석할 수 있다"고 덧붙였다.

GS칼텍스는 1990년 상장을 추진하는 기업에 세금감면 혜택을 부여하는 구 조세감면규제법에 근거해 자산재평가를 실시하고 주식 상장을 추진했다. 이후 2003년 상장을 포기하면서 자산재평가를 취소하자 세무당국은 1993년 개정 전 법령의 부칙에 따라 1990년도 이후 법인세 등을 재계산, 707억원의 세금을 부과했다.

GS칼텍스는 이에 불복해 소송을 제기했으나 대법원은 2008년 "부칙 조항이 실효되지 않았다고 볼 특별한 사정이 있다"며 원고 패소로 판결했다.

반면 헌법재판소는 지난해 GS칼텍스가 청구한 헌법소원심판에서 "개정 법률의 시행에도 불구하고 해당 조항이 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반된다"며 한정위헌 결정을 내려 대법원과 갈등이 불거졌다.