박근혜 대통령이 국가정보원의 서울시 공무원 간첩 증거조작 사건과 관련해 "유감스럽게도 국정원의 잘못된 관행과 철저하지 못한 관리체계에 허점이 드러나 국민께 심려를 끼쳐드리게 돼 송구스럽게 생각한다"고 말했다.

박 대통령은 15일 국무회의에서 "다시는 이런 일이 반복되지 않도록 국정원은 뼈를 깎는 환골탈태의 노력을 해야 할 것이고 또다시 국민들의 신뢰를 잃게 되는 일이 있다면 반드시 강력하게 책임을 물을 것"이라고 강조했다.

남재준 국정원장도 이날 오전 대국민 사과문을 발표하면서 "증거 서류 조작 의혹으로 국민께 심려를 끼쳐 드린 점을 머리 숙여 깊이 사과드린다"며 "일부 직원이 증거 위조로 기소되는, 있을 수 없는 일이 벌어진 데 대해 원장으로서 참담한 책임을 통감한다"고 말했다.

이어 "이번 일을 계기로 수사 관행을 점검하고 과거의 잘못된 관행을 뿌리 뽑아 다시는 반복되지 않도록 뼈를 깎는 개혁을 해 나가겠다"며 "낡은 수사와 절차 혁신을 위해 태스크포스(T/F)를 구성하고 강도 높은 쇄신책을 마련하겠다"고 강조했다.

결국 박 대통령이 전날 서천호 국가정보원 2차장의 사표를 즉각 수리한데 이어 이날 사실상의 대국민 사과를 하고 재발시 강력한 문책방침을 밝힘에 따라 남재준 국정원장에 대한 인책은 없을 것으로 전망된다.

하지만 야권은 이번 검찰의 수사를 '꼬리자르기'로 평가절하하며 남 원장이 책임질 것을 촉구해 논란이 예상된다.