뮤즐리는1900년대에 스위스의 의사 막시밀리안 비르헤르-베너(Maximilian Bircher-Benner)가 취리히에서 운영하던 건강 클리닉의 환자들을 위해 처음 개발한 것이다.

그와 그의 부인이 스위스의 알프스 산맥을 하이킹하던 중 어느 산장에 들러 생과일과 곡류로 구성된 낯선 음식을 맛보게 되었고, 이를 현대적으로 변형시켜 만든 것이 뮤즐리다.

뮤즐리는 초기에 사과식단(apple diet meal)이라 불리었다. 평소에도 건강식과 운동을 홍보하는 데 관심이 많았던 비르헤르-베너 박사는 환자들이 약에 의존하기보다는 영양가 풍부한 뮤즐리를 먹고 규칙적인 운동을 하도록 유도했다.

그 시대의 많은 사람들은 육류가 인간에게 가장 필요한 식품이고 과일과 채소는 가난한 사람들의 식품이라 생각했기 때문에 그는 동료 의사들로부터 심한 비난을 받아야 했다.

그러나 가공되지 않은 통곡, 과일, 채소가 풍부한 식단을 먹고 산책과 정원 가꾸는 일 등의 적당한 운동을 통해서 많은 질병이 치유될 수 있다고 믿은 비르헤르-베너 박사는 그의 신념을 굽히지 않았다. 실제로 그의 식단을 따른 환자들의 건강이 호전되었다고 한다.

1940~1950년대에 들어서, 뮤즐리는 각 가정의 가벼운 저녁식사로도 활용되었고 교도소, 요양소, 군대 등에서도 메뉴로 제공되었다. 뮤즐리가 대중적 인기를 얻으면서 본래의 레시피는 조금씩 변화되었다. 일례로 전통적인 레시피에서는 위생문제를 예방하고자 신선한 우유나 크림 대신 가당연유를 곁들였던 것이 점차 신선한 우유, 요거트, 크림 등을 다양하게 활용하는 방향으로 바뀌었다.