대법원 "국세청 6년간 종부세 더 걷어…돌려줘야"

25개 기업, 2009년부터 초과징수 180억원 반환 소송 전망



국세청이 지난 6년간 거둬들인 종합부동산세 중 일부가 이중과세에 해당돼 돌려줘야 한다는 대법원의 판결이 나왔다. 그간 25개 기업에서 초과 징수된 금액이 180억원에 달하는 것으로 알려지면서 추가 소송이 잇따를 것으로 전망된다.

12일 대법원 1부(주심 고영한 대법관)는 국민은행과 KT, 한국전력, 신세계 등 25개 기업이 각 관할 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세 부과처분 취소청구 소송에서 원고 패소로 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다.

대법원은 "종부세법 기본 취지가 이중과세를 피하기 위해 세액 계산 시 재산세를 공제하도록 한 것"이라며 "국세청이 마련한 시행규칙에 따른 세액산정이 적법하다고 본 원심은 법리를 오해한 위법이 있다"고 판단했다. 이에 따라 소송을 낸 25개 기업은 파기환송심을 통해 과세된 180억여원을 돌려받을 수 있게 됐다.

그러나 현행법으로 이들 기업이 모두 환급받기는 어려워 논란이 불가피할 것으로 보인다. 종부세는 직접 신고해 납부하는 방식과 납세고지서대로 내는 부과고지 방식으로 나뉜다. 이에 따라 부과고지로 납부한 경우 고지서를 받은 뒤 90일 이내에 이의제기를 해야만 환급을 요구할 수 있다. 다만 신고방식으로 납부한 경우 국세기본법 등에 따라 납부한 지 3년이 지나지 않았다면 경정청구나 소송을 낼 수 있어 추가 소송이 이어질 것으로 보인다.

앞서 국세청은 2008년 말 개정된 종부세법과 시행규칙에 따라 2009년 부과분부터 세금을 계산해왔다. 종부세 과세기준을 넘어선 금액에 공정시장가액비율(현행 80%)을 곱한 금액을 기준으로 재산세 공제액을 계산하는 방식이다. 그러나 KT등 일부 기업은 국세청의 이 같은 방식이 이중과세가 된다며 소송을 냈다. 1심은 이중과세라는 기업 측의 주장을 받아들여 원고 승소로 판결했지만, 항소심은 이중과세의 위험이 없다며 원고 패소 판결했다.