서울시 위임을 받은 구청장은 A재개발조합에게 학교용지법에 따라 학교용지부담금을 부과했다. 학교용지법에 따르면 정비구역내 가구수가 증가하지 않은 경우에는 부담금을 부과징수할 수 없다(제5조 제1항 제5호). 즉 기존가구 수 보다 관리처분계획인가에 따른 건립세대 수가 더 크지 않다면, 부담금을 부과 징수 할 수 없다.

정비사업 등의 개발사업이 진행될 경우, 취학수요가 증가할 수 있으므로 학교를 신설 증축할 필요성이 있다. 학교용지 부담금은 이러한 이유에서 개발사업지역에서 공동주택을 분양하는 자에게 부과되고 있다. 이런 이유로 학교용지법은 정비사업시행 결과 해당 정비구역 내 가구 수가 증가하지 않는 경우에는, 학교용지 부담금을 부과하지 않고 있다. 개발사업 전후 가구 수의 변동이 없다면 개발사업으로 인해 학교시설 확보 필요성이 발생했다고 볼 수 없기 때문이다.

위 사건에서 구청장은 A조합의 재개발사업으로 기존 가구 수보다 총 160가구가 증가한다고 보고 이를 기준으로 학교용지부담금을 산정했다. 그런데 구청장은 이러한 산정과정에서 기존 가구 수를 산정하면서 세입자 가구 수를 제외했다. 그런데 기존 가구 수에 세입자 가구 수를 포함시킬 경우, 재개발사업으로 가구 수가 오히려 감소하므로 A조합은 부담금을 납부할 의무가 없다.

이에 A재개발조합은 정비사업 시행 전의 기존 가구 수에서 세입자 가구를 제외한 하자는 중대하고도 명백한 하자에 해당한다고 주장, 학교용지부담금 부과처분은 무효이므로 조합이 이미 납부한 부담금 상당의 부당이득반환을 청구했다.

서울고등법원은 서울시 손을 들어주었다(서울고등법원 2023. 6. 14. 선고 2022나2020038 판결). 행정처분이 당연무효가 되기 위해서는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것이면서, 객관적으로 명백해야 한다(대법원 2007. 5. 10. 선고 2005다31828 판결). 서울고등법원은 "부담금 처분 당시 기존 가구 수를 산정할 때 세입자 가구 수를 포함시켜야 한다는 것이 법리상 명백히 밝혀져 해석상 다툼의 여지가 없을 정도에 이르렀다고 보기 어렵다고 보고, 위 처분에 명백한 하자가 있다고 볼 수 없다"고 판단한 것이다. 법원은 교육부의 해석이나 다른 지방자치단체의 가구 수 산정 방식 등도 이 사건 부담금 부과 처분과 동일하다는 점 등을 이유로 들었다.

그러나 대법원은 서울고등법원과 달리 A재개발조합의 주장이 타당하다고 판단했다(대법원 2025. 6. 26. 선고 2023다252551 판결). 대법원은 "학교용지 부담금의 부과대상인지 여부를 판단하기 위해서는, 정비구역 내에서 '실제' 거주하였던 가구 수를 기준으로 해, 정비사업으로 가구 수가 증가했는지 여부를 산정하기 때문에, 기존 가구 수에는 당연히 세입자 가구를 포함해야 한다"고 보았다.

그러나 이 사건 부담금 부과처분은 처분 당시 기존 가구 수에 세입자 가구 수를 제외한 하자가 있는데, 대법원은 이러한 하자는 '객관적으로 명백한 하자'에 해당한다고 본 것이다.

대법원은 이러한 법리를 바탕으로, 학교용지법 문언, 학교용지부담금 부과의 취지 등에 따라, 부담금 부과대상에서 제외되는 개발사업분은 사업구역 내에서 '실제 거주하였던 가구 수'를 기준으로 산정해야 함을 충분히 알 수 있다는 점, 이 사건 부담금 부과처분 이전부터 정비사업시행 전의 기존 가구 수 산정방식에 관하여 세입자 가구를 포함시켜야 한다는 취지의 법원 판단이 계속 된 점, 구청장으로서는 법원 판단에 따라 법령 규정을 해석 적용하는데 아무런 법률상 장애가 없었던 점 등을 근거로 들어, "이 사건 부담금 부과처분상의 하자는 중대하고도 명백해, 당연무효 사유에 해당한다"고 판단했다.